LAPORAN PRAKTIKUM KIMIA ORGANIK
Judul : Penggunaan
Software Kimia dalam Penggambaran Struktur Molekul
TujuanPercobaan : Mempelajari
dan mengaplikasikan pengetahuan dan keterampilan
menggambar struktur molekul senyawa kimia
menggunakan software
Chemsketch
Pendahuluan
ChemSketch
merupakan program gratis yang digunakan untuk menggambar struktur kimia suatu
molekul atau senyawa. Tidak hanya dalam bentuk 2 dimensi, ChemSketch juga
dapat mengubah struktur tersebut menjadi struktur 3 dimensi, sehingga molekul
lebih terlihat seperti sebenarnya. Struktur molekul tersebut dapat pula
disimpan dalam berbagai format seperti *.mol dan *.s3d. Beberapa format
penyimpanan seperti *.s3d seringkala membuat file gambar tidak bisa dibuka
(State University,2009).
ChemSketch memiliki
dua mode operasi yaitu Structure dan Draw. Mode operasi Structure
hanya dapat digunakan untuk menggambar rumus struktur dua dimensi dan tiga
dimensi suatu molekul atau senyawa. Mode operasi Draw tidak hanya
untuk menggambar rumus struktur molekul tetapi juga dapat ditambahkan
beberapa teks pendek (biasanya untuk memberi nama suatu molekul), simbol,
gambar dan lain sebagainya (State University,2009)
Ada banyak ikon
yang akan ditemukan saat menjalankan program ChemSketch ini, dan sangat
penting untuk mengetahui masing-masing fungsi dari ikon tersebut. Pertama
pastikan bahwa komputer telah menginstal program ChemSketch yaitu dengan
membuka Start menu kemudian ketikkan ChemSketch di kolom pencarian. Klik pada
gambar ChemSketch, kemudian akan muncul tampilan program ChemSketch. Klik OK
ketika muncul dialog pembuka dan Tip Of
The Day. Klik NO jika muncul dialog untuk mengubah format penyimpanan
dalam komputer. Penggambaran rumus struktur senyawa kimia dapat dilakukan
setelahnya, pastikan bahwa mode Structure yang akan digunakan untuk
menggambar (ACD/ChemSketch Tutorial,2008).
Ikon
dan
merupakan ikon normal yang digunakan dalam
ChemSketch. Ikon ini dapat menggambar struktur kimia hidrokarbon dengan
ikatan tunggal, rangkap dua dan rangkap tiga dengan dua dimensi. Klikkan pada
worksheet kosong maka akan muncul molekul CH4, klik pada molekul
tersebut jika ingin menambahkan gugus alkil. Klik ikatan jika ingin
menjadikannya menjadi rangkap dua maupun rangkap tiga. Posisi ikatan dapat
diatur dengan ikon
. Untuk menghapus atom atau molekul gunakan
ikon
. Klik CTRL + Z untuk membatalkan input.
Untuk mengganti input sesuai atom yang diinginkan, klik pada kolom sebelah
kiri. Ada banyak pilihan atom yang dapat digunakan seperti O, N, H, F, Na,
P,S, Cl, K dan masih banyak lain. Ada pula pilihan gugus lain yang dapat
dipilih sesuai kebutuhan di kolom vertikal sebelah kanan, seperti gugus
hidroksil, gugus propil, karboksil, amina, alkil, ada pula struktur siklik
untuk cincin berantai 5, 6 dan aromatik benzena (ACD/ChemSketch
Tutorial,2008)
Struktur dapat
disimpan dalam berbagai format. Caranya klik tombol menu File di pojok kiri
atas, kemudian beri nama dan klik Save. Untuk dapat menyimpan dalam format
lain klik Save As Type setelah memberi nama. Kita juga dapat membuat polimer
dengan bantuan ikon
. Ketikkan jumlah polimer (index) yang akan
digunakan. Ada banyak atom yang tersedia didalam ChemSketch. Apabila ingin
menggantinya dengan unsur yang diinginkan, buka Periodic Table yang tersedia
didalam ChemSketch. Ikon Periodic Table ada disebelah kiri deretan vertikal, ikon
nomer tiga diatas ikon C. Struktur dua dimensi yang digambar dapat dijadikan
struktur tiga dimensi dengan memanfaatkan 3d Viewer. Caranya klik menu
ACD/Labs di deretan menu di bagian atas. Pilih 1 3D Viewer (Freeware).
Program 3D viewer akan muncul dengan latar belakang berwarna hitam. Untuk
menyisipkan struktur senyawa yang digambar, kembali ke 1-ChemSketch di bagian
bawah ujung sebelah kiri. Salin molekul dengan mengklik 2-Copy to 3D di
bagian bawah ujung kiri. Struktur senyawa akan muncul dalam 3D Viewer namun
masih dalam bentuk dua dimensi. Tampilan struktur tersebut dapat diubah
dengan memilih ikon yang diinginkan disebelah atas, ada wire,stick,
ball-and-stick, space-fill dan cloud. Lakukan pula optimasi
geometri dengan perintah menu Tools, pilih 3D Optimization. Menu ini
bertujuan untuk memunculkan atom-atom Hidrogen yang terikat. Sisipkan pula
awan elektron dengan mengklik ikon disebelah pilihan bentuk strukturnya.
Struktur tiga dimensi dapat pula diputar-putar dengan menggerakkan kursor.
Untuk mengganti background layar
gunakan menu Options, pilih Colors, kemudian ganti dengan warna yang kita
inginkan (Martoprawiro/2008).
ChemSketch digunakan
untuk program yang berhubungan dengan kimia. Ada banyak pilihan yang dapat
dilakukan, salah satunya adalah menyisipkan peralatan gelas yang biasa
digunakan dalam praktikum kimia. Pertama ubah mode dari Structure
menjadi Draw. Pilih menu Template di bagian atas (deretan menu), pilih
Template Window, pilih Lab kit. Pilih peralatan gelas yang diinginkan. Reaksi
kimia juga dapat digambar dengan menggunakan mode Draw. Caranya sama
hanya menambahkan anak panah untuk melambangkan bahwa reaksi tersebut reaksi
searah, bolak-balik, atau resonansi (ACD/ChemSketch Tutorial,2008).
Struktur dalam
ChemSketch juga dapat disisipkan dalam Microsoft Word. Pertama buka Microsoft
Word kemudian ketikkan beberapa kalimat pengantar yang berhubungan dengan
gambar. Kembali ke program 3D Viewer, putar molekul agar tampilannya sesuai
dengan yang diinginkan. Pilih menu Edit, pilih Copy, kemudian Paste di
Microsoft Word (Martoprawiro/2008).
Prinsip Kerja
Sebelum menggambar
menggunakan ChemSketch, harus diketahui dulu molekul apa yang dibuat dan
bagaimana bentuk strukturnya.
Alat
Laptop atau PC, dan
aplikasi ACD ChemSketch
Hasil
1.
Menggambar struktur sederhana
a.
b.
menjadi
c.
2.
Menggambar struktur yang lebih kompleks
3.
Memberi muatan
4.
Stereodescriptor
5.
Membuat ikatan terkoordinasi
6.
Ikatan dan muatan terdelokalisasi
7.
Markush
Bond
8.
Menggambar peptide siklik :Tyr-Ala-Trp
Bahan Percobaan 2-10
1.
Percobaan 2.
Identifikasi Gugus Fungsional Senyawa Organik
2.
Percobaan 3.
Reaksi Kimia Beberapa Hidrokarbon
3.
Percobaan 4.
Rekristalisasi
4.
Percobaan 5.
Distilasi Minyak Atsiri
5.
Percobaan 6.
Isolasi Eugenol
6.
Percobaan 7.
Isolasi Trimiristin dari Biji Pala
7.
Percobaan 8.
Ekstraksi Piperin dari Buah Lada
8.
Percobaan 9.
Ekstraksi Pigmen dan Analisa TLC-nya
9.
Percobaan 10.
Ekstraksi Kafein dan Pemurniannya dengan Proses Sublimasi
Alat Percobaan
2-10
1.
Percobaan 2.
Identifikasi Gugus Fungsional Senyawa Organik
2.
Percobaan 3.
Reaksi Kimia Beberapa Hidrokarbon
3.
Percobaan 4.
Rekristalisasi
4.
Percobaan 5.
Distilasi Minyak Atsiri
5. Percobaan 6. Isolasi Eugenol
6. Percobaan 7. Isolasi Trimiristin dari Biji Pala
7.
Percobaan 8.
Ekstraksi Piperin dari Buah Lada
8.
Percobaan 9. Ekstraksi
Pigmen dan Analisa TlC-nya
9.
Percobaan 10.
Ekstraksi Kafein dan Pemurniannya dengan Proses Sublimasi
Referensi
ACD/ChemSketch.
2008. Tutorial Drawing Chemical Structures And Graphical Images. http://www.acdlabs.com/download/chemsk.html
Martoprawiro. 2008. Chemsketch: Membuat Molekul di Windows. http://e-learning.unej.ac.id
State University. 2009. ChemSketch Tutorial. http://www.erfolgkimia.com/chemsketch.html
Student’s House. 2008. Basic ChemSketch Tutorial. www.scubed.info
Tim Penyusun. 2014. Petunjuk Praktikum Kimia Organik. Jember:
Universitas Jember.
Nama
Praktikan
Lubabah
Putri Dhuha
|
